Loạt phim nói về một người đàn ông tên Tsugami Shouichi. Anh bị mất trí nhớ và được một giáo sư cưu mang và sống trong gia đình ấy. Cuộc sống của Shouichi sẽ trôi qua trong yên bình bên cạnh những người thân của mình. Tuy nhiên, bằng một cách nào đó, Shouichi có thể biến hình thành chiến binh có sức mạnh vô địch, Kamen Rider Agito để chiến đấu chống lại những sinh vật bí ẩn được gọi là Unknown. Những con quái vật được gọi là Unknown có thói quen giết những người có siêu năng lực, và chúng luôn làm một ký hiệu trước khi giết nạn nhân.
Sở cảnh sát Tokyo quyết định tham gia vào chuyện này. Để giúp đỡ trong việc đánh bại Unknown, sở cảnh sát Tokyo đã chế tạo ra bộ giáp có sức mạnh hơn người bình thường, Kamen Rider G3 do sĩ quan Sumiko Ozawa thiết kế. Makoto Hikawa, người được chọn để mặc bộ giáp G3 và chiến đấu với Unknown, đã vô tình gặp Shouichi. Hai người họ cùng nhau chiến đấu chống lại thế lực Unknown. Ngoài ra, cả hai còn gặp được Ashihara Ryo, người có khả năng biến hình thành Kamen Rider Gills, người đang tìm kiếm câu trả lời cho việc cha mình bị giết một cách bí ẩn. Những sự việc đều có liên quan đến con tàu Akatsuki’s Gou. Những bí ẩn xung quanh Agito sẽ được hé lộ sau mỗi tập phim.

Mở rộng...